Isso requer suporte especial de hardware ou firmware, e não é algo que você possa fazer de forma confiável com drives flash de armazenamento, praticamente sem montar um arquivo de imagem ISO9660.
Como faço uma unidade flash USB ou uma partição flash para que ela seja somente de leitura e menos vulnerável a malware? Talvez fazer com que o flash drive seja tratado como um CD em outro computador para que não seja possível gravar nenhum tipo de dado nele?
Você pode querer usar a ferramenta NTFS Drive Protection da Sordum . Ele pode proteger contra alguns (mas não todos) os vírus em drives flash, principalmente aqueles que exploram o Autorun. A unidade precisa ser formatada como NTFS para que isso funcione.