Não sei se os seus PDFs são de várias páginas, por isso, se estiverem, use pdfTK ou pdfSAM para dividi-los em PDF de página única e, em seguida, use O Gimp para girar as imagens manualmente.
A outra coisa que você pode fazer é usar uma ferramenta como ImageMagick para automatizar a rotação, mas você provavelmente tem que separar as imagens normais, CW, CCW em diferentes pastas.