Isso certamente funcionará. O Windows acessa as partições por letras de unidade, portanto, se você criar uma nova partição e atribuir a mesma letra de unidade (no seu caso D: ) e copiar a pasta Program Files para a nova D: -partition, tudo funcionará como antes. Lembre-se de que D: é uma letra de unidade, não uma etiqueta, apenas a letra da unidade é importante aqui.
Outra maneira é reduzir a D: -partition e depois aumentar o tamanho de C: , o que pode ser mais conveniente, já que você não precisa copiar os arquivos duas vezes.
Sempre faça um backup do seu sistema e dos seus dados antes de brincar com o particionamento!