A única coisa que instala o .NET é instalar binários extras, adicionar serviços e adicionar algumas chaves de registro; portanto, não há realmente muita modificação que possa fazer com que os aplicativos existentes parem de funcionar.
Um aplicativo .NET usará esses binários extras e a configuração do registro, os serviços fornecem suporte para compilar o aplicativo .NET (NGEN) de um idioma intermediário para uma linguagem de máquina ou fornecem recursos de armazenamento em cache para fontes (WPF Font Cache ).
O .NET 3.5 inclui todas as versões anteriores até o .NET 2.0, portanto, qualquer programa .NET deve funcionar e nada mais quebrar. Você precisará instalar o .NET 4.0 Além disso, como ele não contém versões anteriores, observe que o .NET 1.0 e 1.1 raramente são necessários.