Isso varia um pouco dependendo da sua distro.
Geralmente, cada distribuição mantém uma lista enorme de todos os pacotes de software disponíveis para instalação. Isso é chamado de repositório de software ou 'repo' para breve. Um gerenciador de pacotes (apt, RPM, pacman, etc ...) irá puxar uma lista de pacotes atualizados periodicamente a partir do repo. Os desenvolvedores de distribuição apropriam-se dos pacotes no repositório, eles farão coisas como empacotá-los no formato esperado pela distribuição (o repositório geralmente tem a versão compilada dos pacotes que são feitos a partir do código-fonte original recuperado do upstream), veja os bugs enviados à distro sobre os pacotes, aplique patches no topo da fonte oficial 'vanilla' (talvez para fazê-los integrar melhor ao sistema, configurá-los ou consertar problemas que o upstream ainda não tenha conseguido), e eles assistirão ao pacotes upstream para atualizações que podem ser aplicados à versão no repositório de software.
Por exemplo:
Algumas distro não aplicam atualizações regulares de versão. O Ubuntu, por exemplo, vai ficar com a versão do software que saiu quando a versão da distro foi lançada. Eles normalmente só corrigem problemas de segurança ou bugs importantes. Isso garante que o software não mude inesperadamente (por exemplo, a próxima versão pode ter uma grande mudança na interface do usuário, um novo bug quebra alguma coisa, grandes organizações podem estar aplicando seus próprios patches personalizados em uma versão específica do código-fonte). Os mantenedores do pacote irão puxar a lista de pacotes do Debian a cada 6 meses, aplicar correções / correções do Ubuntu e então enviar uma nova versão da distro. Existem algumas exceções a essa regra , mais notavelmente o Firefox, que será atualizado para a última versão estável disponível da Mozilla.
O Debian tem Stable, Testing e Unstable. Os pacotes serão movidos de Unstable para Testing, já que eles estão prontos para o uso. Então, a cada 1.5 anos, o Debian lança uma versão 'Estável' que trava na versão de teste atual dos pacotes.
Da mesma forma, o Ubuntu tem um lançamento especial de LTS (ou Long Term Support) a cada 2 ou mais anos, onde essa versão dos pacotes é mantido por mais tempo (5 anos, embora costumava ser 3 anos para pacotes de desktop).
Outras distros rastrearão a fonte tanto quanto possível. Arco e Gentoo por exemplo. Eles são considerados como ' releases contínuos '. Embora eles também normalmente tenham uma categoria instável e estável onde os pacotes são movidos enquanto sua funcionalidade é verificada, embora possa ser apenas meses ou mesmo semanas, em vez de meio ano ou mais, como outras distros. Você obtém versões mais recentes do software nessas distros, mas ao custo da estabilidade.
O teste Debian pode ser considerado como uma versão final. Onde, como o Debian Stable é como as versões LTS do Ubuntu.
A maioria dos softwares de terceiros (como em softwares que não vieram do repositório de distros, mas diretamente de um site) não interagem com o sistema de atualização de sua distro. Se você instalar o software manualmente (além de usar algo como apt-get, yum ou qualquer outro), será sua responsabilidade mantê-lo atualizado.
Alguns terceiros manterão seus próprios repositórios que o seu sistema de atualização pode, por exemplo. Por exemplo, o Google mantém um para o Chrome no Ubuntu. Existem também muitos PPA's do Launchpad. Nesse caso, você está confiando no terceiro que mantém as atualizações atualizadas.