Muito mesmo. Uma VM é basicamente apenas um computador emulado em seu nível mais básico, então você pode fazer com ela como faria normalmente com um computador normal (bem, exceto desmontá-la, é claro :)).
Além disso, desde que qualquer pessoa que defina a VM para você tenha configurado as permissões corretamente, você poderá instalar o software usando o sudo apt-get install package
. ;)