Pelo menos para 14.04, apt-file diz:
[romano:~] % apt-file search netinet/sctp.h
libsctp-dev: /usr/include/netinet/sctp.h
para compilar qualquer código que #include s o arquivo sctp.h você precisa instalar o pacote libsctp-dev e suas dependências via
sudo apt-get install libsctp-dev
Se você quiser fazer isso em nível baixo (acesso ao kernel direto ao syscall, etc.) você provavelmente deveria replicar todo o código clichê da biblioteca --- por que você faria isso? Você não faz isso com sys_open() e amigo, você usa libc para obter estes bem embrulhados.