Com o filtro de sobreposição, você não precisa do formato movie=
. É mais fácil, então use este formato:
ffmpeg -y -i inputmovie -i inputpicture.png -filter_complex 'overlay=0:0' -s 1280x720 ...other parameters... outputfile.mp4
O tamanho que coloquei é apenas um exemplo - o seu será diferente. Observe que o tamanho é o mesmo para a imagem e para o quadro do filme, e nenhum dimensionamento está sendo feito aqui. O 0:0
é para o alinhamento da imagem no canto superior esquerdo do quadro do filme - isso é lógico, pois ambos têm o mesmo tamanho.