Para listar todos os arquivos que correspondem a um padrão grep:
grep -rl your_regex_pattern /my/dir /my/other_dir /my/file
Para contá-los:
grep -rl your_regex_pattern /my/dir /my/other_dir /my/file | wc -l
Para contar recursivamente todos os arquivos não vazios em um diretório, procure por uma string vazia (duas aspas simples):
grep -rl '' /my/dir | wc -l