Crie um arquivo .reg assim:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\Folder\shell]
@="TC"
[HKEY_CLASSES_ROOT\Folder\shell\TC]
[HKEY_CLASSES_ROOT\Folder\shell\TC\command]
@="$PATH_TO_TOTALCMD %1"
em que $ PATH_TO_TOTALCMD é o caminho onde está localizado o totalcmd.exe. Na minha configuração é "c: \ totalcmd \ TOTALCMD.EXE".
Isso dirá ao Windows, que o manipulador padrão para a Exploração de Pastas é o Total Commander.