Eu tive um problema semelhante uma vez. Meu laptop perdeu energia enquanto estava inicializando e perdeu o sistema de arquivos. Como o Shinrai disse, o chkdsk pode consertá-lo, mas se não, existem muitos programas que você pode usar para recuperar um disco rígido. Não me lembro qual deles eu usei, mas todos eles fazem sobre a mesma coisa. Eles examinam os dados do disco rígido em busca de padrões e usam isso para descobrir onde estão os arquivos. É provável que todos os seus dados ainda estejam lá, o Windows simplesmente não consegue encontrá-los.
Para executar o chkdsk no seu sistema, você tem algumas opções. Se você tem um disco do Windows, pode inicializar isso. Caso contrário, baixe o RC.ISO de esta página e gravar num CD. Note que isto não é o mesmo que gravar um arquivo de dados, você precisa ter certeza de que está gravando o ISO como uma imagem.
Depois de ter um desses, coloque-o no computador e inicialize a partir do disco. Para fazer isso, fique de olho na parte inferior da tela enquanto inicializa. No início da inicialização, ele exibirá [key] for boot options (no meu computador HP, [key] é F9). Escolha Boot Device e selecione sua unidade de CD. Depois de inicializar, você poderá escolher Recover Console . Você pode precisar fazer login neste momento.
No prompt do console de recuperação, digite chkdsk /r . Deixe o chkdsk executar ininterruptamente até que seja concluído. Se der algum erro, avise-nos. Quando terminar, digite exit e pressione Enter para sair do Console de Recuperação e reiniciar o computador.