como faço para transformar um arquivo inteiro em maiúsculas?

Question

Eu tenho um arquivo em um servidor em outro campus em letras minúsculas que eu preciso mudar para todas as maiúsculas. Existe algum comando unix simples que fará isso? [Eu estou usando PuTTy em um PC, se isso faz alguma diferença.]

São apenas 4 letras diferentes (é DNA, portanto, apenas A, T, C e G), então 4 funções separadas de pesquisa e substituição também funcionariam. (No VI ou outro editor de texto que funcionará através de acesso remoto), mas eu não sei como fazer uma pesquisa e substituir no VI?

Eu poderia copiá-lo para minha área de trabalho, fazer uma pesquisa e substituir em um editor de texto local e, em seguida, copiar de volta, mas depois ele terminaria cheio de quebras de linha do Windows? [Eu estou em um PC, a máquina remota é um servidor linux, e o programa que eu preciso para interpretar o arquivo DNA só pode lidar com quebras de linha unix.]

    

Answer 1

Você não precisa abrir o arquivo em um editor que você pode usar tr para (t) ranslate (c) caracteres ( man page ) diretamente:

tr '[:lower:]' '[:upper:]' < input.txt > output.txt

    

Answer 2

Esta seria a solução VI. Se você quiser apenas substituir esses caracteres pelo equivalente em maiúsculas

:s/[actg]/\U
:s/[a-z]/\U
:s/[actg]/\U
:s/[a-z]/\U%pre%/g
/g
/g
/g

E para todos os personagens

%pre%

Explicação: s (ubstite) [actg] expressão regular para esses caracteres ou [a-z] para o intervalo. \Ug significa: altera o padrão de correspondência para maiúsculas %code% substitui todas as ocorrências

Leitura recomendada: link

    

Answer 3

Tenho certeza de que outros aparecerão com soluções mais elegantes, mas como seu alfabeto é limitado a apenas 4 letras, você pode fazer isso

sed 's/a/A/g;s/t/T/g;s/c/C/g;s/g/G/g' <filename>

se isso funcionar corretamente, você pode adicionar > <filename> ou sed -i ... para salvar no arquivo

Confira wikipedia para mais informações