Pessoalmente, tenho a menor unidade para a inicialização principal. Simplesmente porque isso deixa as duas unidades maiores apenas para dados. Se as unidades, além do tamanho, forem as mesmas, não haverá diferença real na velocidade.
Estou prestes a reconstruir meu Windows Home Server. Tenho 3 discos rígidos que vou colocar no servidor:
A. 1TB
B. 1.5TB
C. 2TB
Exceto pelo tamanho, as unidades são idênticas. Qual unidade devo usar como a unidade de inicialização principal? E por quê?
Qual é o problema em usar o menor?
Dessa forma, você terá mais espaço para uma grande quantidade de dados nos outros, enquanto o próprio sistema terá espaço suficiente no menor disco.
(É desnecessário dizer que eu recomendaria ter unidades separadas para sistema e dados)
Eu escolhi o maior. Por quê? Porque isso é o menos provável de mudar. Eu tinha o WHS nos 500 GB minúsculos que acompanhavam a minha máquina na época e, quando chegou a hora de atualizar a unidade, mover a instalação do Windows exigiu algum trabalho que eu gostaria de ter evitado.
Quando eu reinstalei depois, criei uma partição de 120 GB na minha unidade de 2 TB e usei-a como inicialização, porque sei que levará algum tempo até eu substituir essa unidade.