Sem uma máquina de origem para copiar permissões, seja programaticamente ou manualmente (sim, à direita), você está no riacho virtual sem um remo. O melhor que você pode fazer é esperar por um tar
de backup que você tomou e esqueceu de recriar as permissões. Mesmo a cópia de permissões de um sistema de origem adequado provavelmente não trará as coisas de volta à funcionalidade perfeita. Na melhor das hipóteses, você está tentando fazer com que o sistema atinja um estado funcional que lhe reserve tempo até construir um novo sistema e migrar serviços e arquivos.
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______/ \__// \__/____\ Only YOU
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/| : : .. / \ can prevent chmod -R errors.
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\_-_/ \_-_/ | ____ |/__/ \ (And take backups)
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