Como o Windows XP e o Windows 7 podem manipular o NTFS nativamente, essa é obviamente a melhor opção. Ninguém mais deve usar o FAT32 se não for forçado a fazê-lo, por causa de sua falta de confiabilidade e desempenho insatisfatório.
Para evitar problemas de SID, você não pode restringir as permissões (se não precisar de muita segurança) ou atribuí-las aos grupos padrão (administradores, usuários) cujos SIDs são sempre os mesmos.