MKV é apenas o contêiner, então esse não é o problema. É uma questão do codec ou do tamanho da imagem. Processar tamanhos grandes de imagem precisa de muito mais energia do que imagens pequenas. Então eu acho que o problema aqui é o tamanho da imagem. Talvez você devesse tentar fazer uma nova amostra para 720p ou até 576p.