Você pode fazer isso usando xcopy ou robocopy
1. Usando xcopy
xcopy /s /e dir_to_copy dir_to_paste
/s copia diretórios, assim como seus diretórios sub (exceto os vazios) e /e cópias empty também.
No seu caso, será
xcopy /s /e C:\windows\syswow64 folder\to\paste
2. Usando robocopy
robocopy /COPYALL /E C:\Folder1 D:\Folder2
em que /E significa subdiretórios de cópia, incluindo empty .
robocopy /MIR C:\Folder1 D:\FOlder2
NOTE : isso cria uma cópia exata da pasta de origem no destino por overwriting the contents da pasta de destino.
3. Experimente este script
@echo off
::Ask
echo Enter Source Directory to copy :
set SRC=
set /P SRC=Type input: %=%
echo Enter Destination Directory to paste :
set DEST=
set /P DEST=Type input: %=%
xcopy /s /e /y %SRC% %DEST%
Sinta-se à vontade para adicionar mais.