Você precisa executá-lo como um serviço do Windows. A maneira mais fácil de fazer isso é instalá-lo por meio de SrvAny (está no kit de recursos). O artigo da base de conhecimento da Microsoft KB137890 explica como fazê-lo.
Outra opção, embora não gratuita, é usar uma ferramenta de terceiros como o FireDaemon para lidar com a criação e o monitoramento do serviço.