Eu uso Zscreen para obter as capturas de tela - é um software gratuito com muitas funções. Então eu carrego a imagem em LibreOffice Draw onde eu posso adicionar balões de fala, setas, smileys, cliparts etc. (todos em formato vetorial, então Eu sempre posso mover ou redimensionar cada parte) e finalmente exportar como PDF (um clique) ou muito facilmente para PNG e outros.
Como alternativa, você pode usar outro utilitário livre MWSnap , que é mais antigo, mas tem alguns recursos básicos de desenho.
Para mim, a combinação de Zscreen e LibreOffice Draw é ideal. : -)