A coisa é que na maioria dos casos não importa, usb 3.0 ou 2.0, ambos funcionarão. Mas problemas podem ocorrer. Por exemplo, quando eu tentei desbloquear bootloader no meu HTC One M7, eu não trabalhei com a porta usb 3.0, tinha que ser 2.0.
Então, sim, em 99,5% isso realmente não importa, mas se você pode operar com alguns dispositivos um pouco mais antigos em nível de software, você pode querer obter pelo menos uma porta usb 2.0.