Se você for usar algum software inteligente para o backup, não use FAT (a menos que você nunca tenha que viajar entre fusos horários e não haja horário de verão onde você mora).
O NTFS armazena corretamente o horário universal quando um arquivo foi modificado e calcula o que o tempo significa na sua cidade para exibi-lo de acordo.
O FAT simplesmente armazena um número, que geralmente é a hora local (e eu não sei como fazer com que ele armazene outra coisa com o Windows).
Então, se você tiver que definir o relógio, os arquivos perfeitamente sincronizados entre o FAT e o NTFS causarão uma terrível dor de cabeça.
Alguns aplicativos podem ser configurados para ignorar carimbos de hora que diferem exatamente por algumas horas, mas no final você tem problemas.