O PHP é um script do lado do servidor. Quando você acessa uma página alimentada por um script, o servidor da Web executa esse script e gera dinamicamente código HTML ou outro código do lado do cliente para renderizar seu navegador.
O único arquivo sendo referenciado em, digamos, http://www.example.com/index.php?id=2 é o script PHP index.php. O conteúdo da página da Web que você está visualizando pode vir de várias coisas, incluindo um servidor de banco de dados, o script em si ou outros scripts (ou arquivos, que podem ou não estar acessíveis ao URI público). O script decide qual conteúdo será produzido com base no argumento id = 2.
O ponto do script do lado do servidor é que você, o usuário, não deve saber o que está acontecendo. Então, 9 vezes de 10, o link do PHP que você vê é o link "atual" - simplesmente não há outra maneira de obter esse conteúdo como um navegador da Web público.
A outra 1 entre 10 pode ser algo com shortURLs ou redirecionamentos, mas precisaríamos de informações mais específicas para descobrir algo assim para você.