Isso pode ser mais uma pergunta SuperUser , mas eu me atrevo a dizer que o conflito é porque você está tentando instalar um versão do Perl para uma arquitetura de processador diferente sobre a atual. Os pacotes não são tecnicamente os mesmos, já que são arquiteturas diferentes, portanto, o gerenciador de pacotes está tentando instalá-los ao mesmo tempo, em vez de fazer o upgrade (causando o conflito).
A atualização de uma versão x86_64 para uma versão x86_64 mais recente provavelmente funcionará, mas seu erro indica que você está tentando atualizar uma instalação x86_64 com uma versão i386.