Se você não teve problemas de compatibilidade com nenhuma das atualizações do Windows instaladas, poderá remover esses arquivos. Como outros já disseram, uma vez que esses arquivos tenham sido removidos, a desinstalação de quaisquer hotfixes correspondentes às pastas que você excluir se tornará impossível.
Por exemplo, $ NtUninstallKB2141007 $ corresponde ao Hotfix KB2141007, uma atualização para ajudar a fortalecer as credenciais de autenticação em cenários específicos.
Se houver problemas em potencial que você vir no futuro, é melhor deixar essas pastas e encontrar o espaço em outro lugar. Caso contrário, basta excluí-las.
(Você sempre pode gravá-los em DVD para fazer backup deles. Não tenho certeza se isso funcionaria, mas não vejo por que não.)