Não há necessidade especial de se preocupar.
O problema com o OS X é que ele não pode gravar em discos formatados para NTFS fora da caixa, e essa é uma das razões pelas quais o Time Machine precisa de uma partição formatada HFS + J para funcionar. Então, se e somente se você precisar do Time Machine, reformate a unidade.
Caso contrário: Se você usá-lo em sua máquina Ubuntu sem problemas, deixe por isso mesmo. O suporte a NTFS para Linux é bastante estável desde alguns anos, então você não precisa fazer nada extravagante. Você poderia formatá-lo teoricamente para (por exemplo) ext4
, um sistema de arquivos um pouco mais "nativo" para sistemas Linux, mas isso significaria que você teria problemas sérios ao ler os dados de uma máquina Windows sem drivers adicionais.