Como o outro afirmou, reset deve fazer o truque. No entanto, algum emulador de terminal ( mintty do Cygwin, se estiver certo) nem limpa o buffer de rolagem. Nesse caso, eles devem ter uma opção para fazer isso diretamente. Em mintty há algo como "Limpar rolagem" quando você clica com o botão direito na janela ou abre o menu.