Você pode usar subgrupos numerados. ou seja:
Encontrar:
([0-9]{6}),([0-9]{2})
Substituir:
.
Exemplo em Python:
import re
inp = '653433,78'
out = re.sub(r'([0-9]{6}),([0-9]{2})', r'.', inp)
print out
Isso lhe daria:
>>>'653433.78'