Se o seu disco rígido produzir novos sons que não tenha sido produzido antes, pode ser um sinal prematuro de danos à unidade.
A outra possibilidade é que são simplesmente sons normais que a unidade faz, mas você nunca ouviu antes, talvez por causa de padrões de uso diferentes. As unidades podem fazer ruídos de clique ao buscar padrões específicos ou ao estacionar a cabeça, e isso pode acontecer em momentos diferentes, dependendo do software usado.
De qualquer forma, você deve sempre ter backups regulares recentes se a unidade falhar. Isto é verdade para todos os discos rígidos, não apenas para os que você está percebendo sons incomuns.
Se algum outro diagnóstico de unidade de disco rígido - verificações de sistema de arquivos ou ferramentas de monitoramento SMART - detectar quaisquer erros, isso seria mais uma prova de que a unidade pode estar falhando.
Se você deve substituir a unidade imediatamente, depende se você pode pagá-la com facilidade, ponderando o custo da nova unidade versus o pequeno risco de sua unidade falhar antes do que teria ocorrido. Mas não existe um disco rígido que não irá falhar. É só uma questão de tempo.
Eu não sabia se a instalação do Ubuntu anulava a garantia ou não.
Não, isso não deve afetar nenhuma garantia contra falhas de hardware, pelo menos.