É puramente para facilitar a digitação. As teclas ctrl, alt e shift são geralmente usadas em conjunto com outra tecla. Então, pressionando uma das teclas com uma mão, a outra mão está livre para pressionar outra tecla.
Uma coisa interessante a notar é que cada uma dessas chaves é única. I.E. mesmo que a tecla shift esquerda e a tecla shift direita façam a mesma coisa por padrão, elas têm diferentes scancodes . Isso pode permitir que você atribua outra coisa a essas chaves usando o software.