Eu vejo que você tem pouco espaço livre em disco. Eu sugiro que você inicie primeiro o "Disk Cleanup". Basta pressionar a tecla Win e digitar "cleanup".
Em seguida, vá para Propriedades do Computador, Proteção do Sistema, C: e veja quanto espaço é reivindicado pela Restauração do Sistema. Você pode querer definir essa configuração mais baixa.
Se você quiser verificar rootkits, basta procurar por "ferramenta de remoção de rootkits" e baixar o Sophos, o Kaspersky ou alguma outra ferramenta antivírus.
Mas acho que a maioria do espaço reivindicado está em "C: \ System Volume Information", em que o System Protection mantém seus arquivos. Você teria que apropriar-se dessa pasta, se quisesse visualizar / excluir seu conteúdo.
E outra coisa: vá ao prompt de comando e execute a verificação de erros de disco: chkdsk c: / f (pressione sim e reinicie o computador)
Editar: veja se o seu disco tem setores defeituosos (saída chkdsk). Mas também baixe o Hard Disk Sentinel do link para ver os dados de diagnóstico do SMART HDD. Espero que não, mas é melhor estar no lado seguro.