/sys , como /proc é um diretório virtual. Você não pode realmente apagar nada lá - certamente nada que uma reinicialização não irá restaurar.
O mesmo não pode ser dito sobre seus sistemas de arquivos em disco. rm sem -r não exclui um diretório, mas junto com find ele pode excluir facilmente todos os arquivos sob ele. O tipo -mtime +1 restringe a extensão do dano, mas não o impede.
Você pode querer usar seu sistema de gerenciamento de pacotes para, pelo menos, verificar os arquivos do sistema antes de reinicializar. Além disso, verifique com find / em que ordem os diretórios estão listados. Talvez você tenha tido sorte e /sys foi o primeiro - você interrompeu o comando imediatamente, certo?