Eu acredito que a ferramenta correta para esse tipo de aplicativo seria um programa de backup. Parece que você quer criar uma imagem do computador e programas como Acronis , Macrium Reflect e Norton Ghost são feitos para isso.
Você também pode usar o Sandboxie para fazer testes. O Sandboxie permite que você execute programas em caixas de proteção isoladas, portanto, se um deles der errado, você poderá excluir o sandbox e começar de novo.
Não apenas um sistema Windows completo teria muito mais informações do que o Git foi projetado para acompanhar, mas há outras informações que o Git explicitamente não controla, como permissões NTFS que seriam perdidas quando você "restaura".
Para ser justo, uma pessoa criou um ambiente de teste gerenciado com o Git , mas ele estava usando Windows 98 emulado sob uma versão legada do Win4lin. Eu estou supondo que este ambiente não é o que você está procurando fazer, então eu evitaria até mesmo considerar isso.