Estou escrevendo isso em um computador que está sendo executado em um intel Atom D510MO . Esta placa-mãe está executando uma versão de 64 bits do Ubuntu instalada a partir de um pen drive USB. Até onde eu sei, a próxima série (D425 / D525) foi muito parecida com a minha, então, eu suponho que sua placa-mãe será capaz de inicializar a partir de USB.
Na verdade, a coisa incomum atualmente são placas-mãe incapazes de inicializar a partir do USB.
Eu também instalei distribuições Linux de pendrives USB em outras placas-mães Atom diferentes: Atom D270 da Asus e Atom N550 da Jetway. A inicialização (e a instalação do sistema operacional) do USB nunca foi um problema.