Se você fizer as atualizações da linha de comando, há algumas etapas extras:
sudo apt-get update atualiza as bibliotecas de tal forma que seu computador pode dizer quais pacotes são desatualizados
sudo apt-get upgrade atualiza a maioria dos pacotes
sudo apt-get dist-upgrade atualiza pacotes que exigem maior modificação do sistema.
Uma combinação de ... update seguido por ... dist-upgrade e, em seguida, sudo reboot é o mesmo que o gui
Existe um link muito bom para os comandos de upgrade do apt-get aqui