Se você fizer as atualizações da linha de comando, há algumas etapas extras:
sudo apt-get update
atualiza as bibliotecas de tal forma que seu computador pode dizer quais pacotes são desatualizados
sudo apt-get upgrade
atualiza a maioria dos pacotes
sudo apt-get dist-upgrade
atualiza pacotes que exigem maior modificação do sistema.
Uma combinação de ... update
seguido por ... dist-upgrade
e, em seguida, sudo reboot
é o mesmo que o gui
Existe um link muito bom para os comandos de upgrade do apt-get aqui