Como outros já mencionaram, existem coisas como o coLinux, que roda o Linux dentro do Windows, e lado a lado, o Windows.
Mas ... se você está feliz com o Cygwin além das cores, talvez você possa mudar o seu terminal para algo que mostre melhor as cores. Veja rxvt
e mintty
, ambos disponíveis no setup.exe. Em seguida, use chere
para definir isso como o termo emulador para abrir no Windows