Eu duvido que haja um utilitário para desfazer o que foi feito. Você pode procurar duplicatas novamente, verificar suas contagens de links e atributos (ou talvez o Dupemerge possa ajudar a identificar hard links para os mesmos arquivos) e fazer a cópia manualmente. Isso pode pelo menos ajudá-lo a descobrir se os links físicos são a causa dos problemas.