De alguma forma, o Windows parece estar quebrado. Isso pode acontecer em vários níveis. O mais baixo é o disco rígido. Como ele carrega um pouco as funções do disco mecanicamente.
Em seguida, a superfície do disco rígido. Este é o meu melhor palpite, onde está o problema. As densidades de HD modernas são tão altas que dependem de recursos do controlador de disco para fazer muita correção de erros. Existe um nível de degradação da superfície que é menor que a falha total, mas não é legível de forma consistente. Ferramentas que corrigem isso devem inicializar de outro dispositivo para rodar (pen drive, CD, disquete). O que eu uso é o Spinrite (www.grc.com). Sim, custa dinheiro, não há demonstração, mas há uma garantia de devolução do dinheiro.
As unidades neste nível podem ser trazidas de volta ao serviço útil, dependendo do número de erros. Considerando como os discos rígidos são baratos, se eles trazem de volta e você não confia que o disco mude.
O próximo nível é a janela NTFS e o próprio sistema operacional. O NTFS pode detectar os erros do nível abaixo, mas não corrigi-los. Uma vez que o Spinrite forçou o drive a mover o setor "ruim", o NTFS pode simplesmente consertar o resto.
Se não, existem várias ferramentas que funcionam quando o sistema operacional inicializa. Eu raramente os uso porque eu tive tanto sucesso nos níveis abaixo. Receba a opinião das pessoas que nos são elas.