Se é apenas para transferência de arquivos, você pode usar o WinSCP para transferir arquivos de sua máquina Windows para sua máquina Linux via SSH.
O Putty é uma aplicação muito simples e não requer um instalador. O aplicativo de massa é tudo o que é necessário. Sugiro que, se você estiver procurando por algum tipo de hospedagem na Web, tente usar um serviço gerenciado se não estiver familiarizado com o acesso ao seu console.