Resposta curta é não, e você não gostaria que funcionasse de outra maneira.
Se isso pudesse acontecer, um único programa poderia seqüestrar pastas inteiras em sua máquina. As permissões de arquivo seriam mal gerenciadas e o sistema de arquivos seria um alvo fantástico para malware.
Além disso, a probabilidade de um aplicativo poder ler todos os tipos de arquivo e fazer sentido para o usuário é improvável.
Você pode armazenar os arquivos em um banco de dados e fazer com que seu programa os chame para fora do banco de dados em vez do sistema de arquivos do Windows. Como alternativa, você pode fazer com que seu aplicativo passe pela pasta e altere as extensões de arquivo para as que ele sozinho entende e defina essas associações no Windows.