Você pode criar alguns arquivos em lote que levarão todos os arquivos da pasta atual com uma certa extensão e, em seguida, os alimentarão um de cada vez para algo como ffmpeg para extrair o áudio.
Como você não especificou qual SO está usando, isso é feito com o Windows em mente:
Arquivo em lote 1 (aquele que você vai rodar na pasta que contém os vídeos dos quais você deseja extrair, assumindo AVI para o exemplo):
for %%i IN (*.avi) DO (ripsound.bat "%%i")
Salve como go.bat
ou algo assim.
Crie o segundo arquivo de lote:
ffmpeg -i %1 -vn -acodec mp3 %1.mp3
Salve como as primeiras referências de lote ("ripsound.bat" neste exemplo).
Quando executado, o primeiro arquivo de lote levará cada arquivo .AVI para a pasta atual e executará o segundo arquivo de lote, que usará o ffmpeg para converter o vídeo em um arquivo de áudio MP3 de mesmo nome.
Você pode ter que fazer algumas alterações no lote de inicialização do ffmpeg (segundo) para atender às suas necessidades / desejos (diferentes codecs, adicionar um caminho de arquivo de saída, etc.).
Se isso não funcionar "apenas como está", pelo menos esperamos que seja um bom ponto de partida. :)