Um aplicativo portátil é uma distribuição de um aplicativo que pode ser executado sem necessidade de instalação e não deve deixar vestígios no sistema após a execução, embora alguns aplicativos façam isso e ainda sejam considerados aplicativos portáteis.
A idéia é que você pode colocá-los em seu pendrive e usá-los em qualquer lugar. As configurações também são armazenadas no dispositivo USB, para que você não apenas possa usar o aplicativo, mas suas configurações sejam mantidas no mesmo local onde o programa está sendo executado.