Eu encontrei a resposta para minha pergunta. Eu fiz um chown nas pastas que eu não queria que fossem deletadas para root: root, e então chmodded essas pastas usando o o bit pegajoso '(1775 em vez de 0775). Dessa forma, todos podem adicionar arquivos e pastas sobre o ftp como quiserem, mas não podem remover as pastas que eu protegi com o bit pegajoso, já que você teria que ser um proprietário de arquivo ou pasta para fazer isso.