O Windows é perfeitamente capaz de entender tanto o esquema de particionamento MBR quanto o GPT em diferentes discos rígidos, independentemente do tipo de inicialização.
Então, sim, o seu GPT / Windows / (não o disco rígido) será capaz de ler o disco rígido do MBR. Algo assim é feito constantemente quando você conecta uma chave USB, que também é particionada na maior parte do tempo (embora com apenas uma partição) usando o MBR.