Algumas coisas no config.sys reorganizam a memória em um nível bastante baixo, como o carregamento do HIMEM.SYS não pode ser executado posteriormente, e o carregamento da linha EMM386.EXE [NOEMS / RAM ..] no config.sys não pode ser executado depois.
Mas, algumas outras linhas podem ser carregadas depois, onde / (no caso raro!) alguém escreveu um programa para, por exemplo, se você quisesse mudar a cor e certos recursos do prompt de comando com códigos de escape ANSI , você teria que carregar ANSI.SYS Você poderia carregar ANSI.SYS no config.sys, mas, como alternativa, havia um programa ANSI.EXE que você poderia executar depois, em vez de carregar ANSI.SYS no config.sys. E, claro, nenhuma reinicialização é necessária para executar o ANSI.EXE!
Houve um programa que vi uma vez chamado config.exe, mas eu não acho que ele faz isso.