Execute xev
e sempre que você pressionar a super-chave, verá algo assim:
KeyPress event ...
root 0x25, subw 0x0, ...
state 0x0, keycode 89 (keysym 0xffeb, Super_L), same_screen YES,
...
Se isso não funcionar, não posso ajudá-lo. Se isso acontecer, anote a descrição da chave logo após o keysym. É Super_L
neste exemplo, mas pode ser outra coisa no seu caso. Agora execute estes comandos:
xmodmap -e "clear mod4"
xmodmap -e "add Mod4 = Super_L"
* ATENÇÃO: certifique-se de substituir Super_L
pela descrição que xev
imprime nos comandos acima *
O curioso também pode executar xmodmap -pm|grep mod4
no final, o que deve mostrar mod4 Super_L