A maioria das configurações do GP são simplesmente entradas / alterações no registro.
A Microsoft oferece documentação que informa qual configuração do Registro se alinha a qual Diretiva de Grupo:
Referência de configurações de política de grupo para Windows e Windows Server
Examinando o documento do Windows Server 2012 R2, mostra que
HKLM\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows NT\Terminal Services!fSingleSessionPerUser
É a entrada do registro que contém os dados que você deseja definir.
Você pode alterar o registro com o Powershell usando seus comandos padrão de manuseio de registro.
Mais informações sobre isso: Scripter de fim de semana: use o PowerShell para modificar facilmente os valores da propriedade do registro