Você nunca terá problemas ao aplicar atualizações de versões secundárias ao VirtualBox. Eu só olho para os registros de alterações para quebrar as alterações que geralmente são destacadas e piscam em vermelho. Em atualizações de versão principais, 3.x para 4.x por exemplo, vou ler os documentos.
Na chance de que a atualização quebre algo, você só precisa desinstalar o VirtualBox e reinstalar a versão original. Importe as VMs. Se você quiser tomar precauções, copie a pasta da VM para ter um backup.
Aproveite a v4.3