Uma breve instrução sobre USB 2 vs 3:
Pense no USB como um pipe (na verdade, ele é chamado de "barramento" .... Universal Serial Bus) que pode enviar tantos dados por segundo. Para USB 2, esse limite é de 480 Mbps, ou 480 Megabits por segundo, e para USB 3, é de 5 Gbps ... 5 Gigabits por segundo. Isso significa que, em TODOS os dispositivos USB 2 conectados ao seu computador, o barramento suportará, no máximo, 480 Mbps de taxa de transferência. Em outras palavras, se você tiver 2 dispositivos classificados como 400Mbps conectados ao mesmo tempo, você maximizará a capacidade do USB 2 antes de maximizar a capacidade do dispositivo.
O USB 3 é compatível com versões anteriores do USB 2. Isso significa que o seu drive USB 3 funcionará quando conectado a uma porta USB 2. Ele só funcionará em velocidades USB 2, porque esse é o gargalo.
Agora, para realmente responder à sua pergunta: Como dito acima, a maioria dos dispositivos USB 3 funciona em portas USB 2. Será apenas muito lento. Sua suposição de que ambos precisam ser USB 3 está incorreta.
Quanto a saber se você pode executar sua máquina a partir de uma unidade externa: sim, você pode. Você não quer embora. Vai ser muito lento. Para se ter uma idéia, no trabalho, temos algumas unidades da Seagate terríveis, terríveis, lentas, e as que estão em torno de 71MBps (a letra maiúscula "B" aqui; estou falando em bytes e não bits) lêem velocidade e 69MBps Rapidez. O USB 2, no entanto, suporta apenas 60MBps (480 megabits / 8 bits por byte = 60 megabytes). Mesmo esses discos rígidos no trabalho diminuiriam ainda mais.
Agora, pense como seria se você quisesse usar OUTRO drive como backup de máquina do tempo. Você acabou de cortar essas velocidades pela metade porque o ônibus precisa ser compartilhado. Ai!
Como outro ponto de interesse, você demonstrou interesse em ter seu sistema operacional móvel. Em geral, isso não é uma idéia fantástica, especialmente com um drive giratório. Se você realmente precisa de um sistema operacional móvel, eu sugiro que você encontre uma unidade flash de 64GB à venda (Newegg teve um por 18 dólares apenas no outro dia, com uma garantia vitalícia) e colocar o seu sistema operacional sobre isso. Em seguida, use uma unidade interna normal para todos os seus dados. Em seguida, faça o backup de seus dados em outra unidade externa, ou qualquer outra coisa, se precisar trazê-los com você.