As opções de linha de comando são analisadas pelo aplicativo e não há garantia de que um determinado programa saberá ou respeitará /minimized . Felizmente, existe uma maneira de iniciar programas minimizados: com o comando cmd ' start '.
Altere sua tarefa agendada para executar cmd com os seguintes parâmetros:
/s /c start "" /min "C:\Program Files (x86)\Raptr\raptr.exe"
O "" como o primeiro parâmetro para start impede que o caminho do programa seja tratado como uma legenda de janela. Haverá um flash de um segundo em um prompt de comando, mas ele iniciará o programa e desaparecerá.