Não há tal coisa como um "protocolo de pilha dupla".
Fundamentalmente, você precisa de suporte a IPv4, já que sua rede não 'fala' ipv6 nativamente no segmento em que você está, e os bits devem fluir de alguma forma.
Você quer causa ipv6, bem, é por isso que você está tunelando, certo? Como tal, sua rede precisa suportar o ipv6 do sistema que é o terminal de encapsulamento e todos os clientes conectados a ele.
Como ipv4 e ipv6 são executados separadamente (sem contar vários métodos de transição de 4 a 6), ter uma configuração pilha dupla é uma consequência das peças necessárias necessárias para executar um túnel, em vez de algo que você precisa primeiro.
Você pode executar o dual stack sem um corretor de túneis (eu faço!) ou executar aplicativos puramente no espaço ipv4 (meus sistemas Ubuntu frequentemente possuem ipv6 desativado para apt, causar seu buggy comprovado) ou executar aplicações no espaço puramente ipv6, ou qualquer mistura dos acima.